曾主持和参与了电子部“ DJS-200系列机会话系统研制”、“会话语言BASIC国际制定”、科技部企业攻关项目“基于互联网的计算机测试系统研究”、IBM研究院院校合作项目“业务约束软件研究”、科技部九五科技攻关项目“基于3w的计算概论多媒体课件研制”、和多项国家863计划“面向教育的海量知识资源组织、管理与服务系统（863计划）专题课题(目标导向类)”、“ 面向CMP的推测多线程编译技术研究”、“基于linux国产软件的测试平台研究 ” 等。

冯博琴教授在计算机基础教学方面在国内享有盛誉。他提出的计算机基础课程“精讲多练、教考分离、机试为主”的教学方法和由他主持的教指委《关于进一步加强计算机基础教学的几点意见》和《计算机基础课程教学基本要求》，在国内产生重大影响。《培植名师、名课、名实验室，创建国内一流的计算机基础教学与研究基地》等项目先后获得国家级教学成果一等奖3项、二等奖3项，国家级优秀教材一、二等奖2项，主持国家级精品课程2门，主编出版12部国家和部级规划教材。

曾获电子部科技成果二等奖等; 在国内外重要刊物和会议上发表了学术论文263篇，其中SCI 33篇、EI 115篇。

他先后获得首届高校教学名师奖、宝钢教育基金优秀教师特等奖、全国模范教师、全国五一劳动奖章、全国师德先进个人称号。他是我校国家级计算机基础教学团队和国家级计算机实验教学示范中心带头人。