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王嘉寅 |
生物信息学与生物信息管理、工程与复杂运营管理、生物信息计算与数字健康。
王嘉寅,博士,计算机科学与技术学院教授、博士生导师,西安交通大学第二附属医院副院长。
王嘉寅同志是西安市委统战部认定的无党派人士,担任西安党外知识分子联谊会执行副会长;王嘉寅同志是陕西省十四届人大代表(2023-),西安市十五届政协委员(2022-),十三届全国青联委员(2020-),陕西省十二届青联委员(2020-)、西安市八届、九届青联委员、常委、副主席(2018-2024;2024-)。
王嘉寅教授及其团队主要从事生物信息计算方法的技术和工艺优化、质量控制、服务管理等方面的研究,曾参与TCGA PanCanAtlas、ICGC等国际大科学计划。王嘉寅教授是重点人才计划入选者、陕西省特聘专家;曾获得陕西省杰出青年科学基金、西安交通大学“青年拔尖人才支持计划”等项目资助;兼任陕西省医疗健康大数据工程研究中心副主任。
主要包括:
1)肿瘤组学数据的分析技术、数据质量管理技术,生物信息软件的性能测试、评估、集成运用、控制和优化方法;
2)面向区域和人群的肿瘤、出生缺陷等基因疾病的数据分析技术、决策支持技术,及其测试、评估、监控和人群适用性改造;
3)复杂疾病的全周期监控和预警技术;
4)新型体外诊断试剂盒研发;
5)体外诊断数据分析的监管技术。
教育和工作经历
1. 2024/12-,西安交通大学第二附属医院副院长
2. 2022/11-2024/11,西安交通大学国际合作与交流处副处长
3. 2021/10-,西安交通大学计算机科学与技术学院,教授,博士生导师
4. 2018/03-2021/10,西安交通大学计算机科学与技术系/学院,准聘教职,博士生导师
5. 2015/10-2018/02,西安交通大学管理学院,准聘教职,博士生导师
6. 2013/06-2015/09,美国圣路易斯华盛顿大学医学院基因组研究所,博士后,合作导师Li Ding教授
7. 2009/08-2013/05,美国康涅狄格大学,计算机科学与工程系生物信息学方向,研究生/博士,导师Yufeng Wu教授
8. 2004/09-2008/07,西安交通大学,计算机科学与技术,本科/学士
1. 国家自然科学基金重大项目,智慧医疗健康管理理论与方法,医联网环境下的数据治理与数据跨域分析,72293581, 2023/01-2027/12,参加
2. 陕西省自然科学基础研究计划,杰出青年科学基金项目,2020JC-01,大数据驱动的肿瘤临床辅助决策,2020/01-2022/12,主持
3. 国家自然科学基金青年项目,31701150,复杂子克隆结构的肿瘤体细胞突变测序数据与多表型的双向聚类关联分析方法研究,2018/01-2020/12,主持
4. 国家重点研发计划“干细胞与转化研究”重点专项,2017YFA0105800,膀胱尿路上皮组织干细胞突变特征与演化研究,2017/07-2021/12,参加
1. 王嘉寅(9/10); 智能化移动微创装备关键技术及产业化, 安徽省人民政府, 安徽省技术发明奖, 一等奖, 2018 (丁帅; 傅强; 唐华; 杨善林; 付超; 张林; 孙晓; 范雯娟; 王嘉寅; 吴德胜).
2. 王嘉寅(4/10); 陕西省青年学生筑牢中华民族共同体意识情况调研, 陕西省人民政府, 陕西省第十六次哲学社会科学优秀成果奖, 一等奖, 2023 (周远; 徐永胜; 刘婵君; 王嘉寅; 张振; 吴愿晶; 邱辰; 王双牛; 张蓉; 李爽).
3. 王嘉寅(2/7); 物联网车间面向人机协同的调度算法及应用, 陕西省人民政府, 陕西省科技进步奖, 三等奖, 2023 (孙新宇; 王嘉寅; 耿新娜; 刘涛; 王吉波; 潘磊; 王娟).
4. TMB猫科动物五部曲:系列研究系统性的提出了适用于中国人群各类场景的TMB阳性判断值优化方法。
1)Yixuan Wang#, Yanfang Guan#, Xin Lai, Yuqian Liu, Zhili Chang, Xiaonan Wang, Quan Wang, Jingjing Liu, Jian Zhao, Shuanying Yang*, Jiayin Wang*, Xiaofeng Song*. THOR: a TMB heterogeneity-adaptive optimization model predicts immunotherapy response using clonal genomic features in group-structured data, Briefings in Bioinformatics 26, Issue 4, January 2025.
2)Xin Lai#, Shaoliang Wang#, Xuanping Zhang, Xiaoyan Zhu, Yuqian Liu, Zhili Chang, Xiaonan Wang, Yang Shao, Jiayin Wang*, Yixuan Wang*. TMBocelot: an Omnibus statistical Control modeL Optimizing the TMB Thresholds with systematic measurement errors, Frontiers in Immunology 15, Article Number: 1514295, January 2025.
3)Yixuan Wang#, Jiayin Wang#, Wenfeng Fang#, Xiao Xiao, Quan Wang, Jian Zhao, Jingjing Liu, Shuanying Yang, Yuqian Liu*, Xin Lai*, Xiaofeng Song*. TMBserval: a statistical explainable learning model reveals weighted tumor mutation burden better categorizing therapeutic benefits, Frontiers in Immunology 14, Article Number: 1151755, May 2023.
4)Yixuan Wang#, Xin Lai#, Jiayin Wang*, Ying Xu, Xuanping Zhang, Xiaoyan Zhu, Yuqian Liu, Yang Shao*, Li Zhang, Wenfeng Fang*. TMBcat: A joint p-value criterion based on different distance metrics for superiorly inferring tumor mutation burden thresholds, Frontiers in Immunology 13, Article Number: 995180, September 2022.
5)Yixuan Wang#, Xin Lai#, Jiayin Wang*, Ying Xu, Xuanping Zhang, Xiaoyan Zhu, Yuqian Liu, Yang Shao, Li Zhang, Wenfeng Fang*. A joint model considering measurement errors for optimally identifying tumor mutation burden threshold, Frontiers in Genetics 13, Article Number: 915839, August 2022.
5. 突变检测技术优化:系列研究系统性的提出了适用于中国人群各类场景的突变检测和质控方法。
1)Zhengfa Xue#, Aifen Zhou#, Xiaoyan Zhu, Linxuan Li, Huanhuan Zhu, Xin Jin*, Jiayin Wang*. NIPT-PG: Empowering Non-Invasive Prenatal Testing to learn from population genomics through an incremental pan-genomic approach, Briefings in Bioinformatics 25, Issue 4, July 2024.
2)Shenjie Wang, Xiaoyan Zhu, Xuwen Wang, Yuqian Liu, Minchao Zhao, Zhili Chang, Xiaonan Wang, Yang Shao, Jiayin Wang*. TMBstable: A variant caller controls performance variation across heterogeneous sequencing samples, Briefings in Bioinformatics 25, Issue 3, Article Number: bbae159, May 2024.
3)Shenjie Wang, Yuqian Liu, Juan Wang*, Xiaoyan Zhu, Yuzhi Shi, Xuwen Wang, Tao Liu, Xiao Xiao, Jiayin Wang*. Is an SV caller compatible with sequencing data? An online recommendation tool to automatically recommend the optimal caller based on data features, Frontiers in Genetics 13, Article Number: 1096797, January 2023. 本研究首次提出生物信息学软件的推荐问题,实验证明,随着生物信息学软件日益丰富,如果在分析软件选择上缺乏科学性,容易在数据分析中引入系统性偏差。
4)Xuwen Wang, Ying Xu, Ruoyu Liu, Xin Lai, Yuqian Liu, Shenjie Wang, Xuanping Zhang, Jiayin Wang*. PEcnv: Accurate and efficient detection of copy number variations of various lengths, Briefings in Bioinformatics 23, Issue 5, Article Number: bbac375, September 2022. 本研究首次提出,通过优化生物信息学软件的内部参数,可以显著提高软件的适用范围和性能表现。
6. The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes, Nature 578, Issue 7793, pp. 82-93, February 2020.
7. Yi Huang#, Jiayin Wang#, Peilin Jia, Xiangchun Li, Guangsheng Pei, Changxi Wang, Xiaodong Fang, Zhongming Zhao, Zhiming Cai, Xin Yi, Song Wu, Baifeng Zhang*. Clonal architectures predict clinical outcome in clear cell renal cell carcinoma, Nature Communications 10, Article number: 1245, March 2019.
8. Kuan-lin Huang, R. Jay Mashl, Yige Wu, Deborah Ritter, Jiayin Wang, Clara Oh, Marta Paczkowska, Sheila Reynolds, Matthew Wyczalkowski, Ninad Oak, Adam Scott, Michal Krassowski, Andrew Cherniack, Kathleen Houlahan, Reyka Jayasinghe, Liang-Bo Wang, Daniel Cui Zhou, Di Liu, Song Cao, Young Won Kim, Amanda Koire, Joshua McMichael, Vishwanathan Hucthagowder, Tae-Beom Kim, Abigail Hahn, Chen Wang, Michael McLellan, Fahd Al-Mulla, Kimberly Johnson, The Cancer Genome Atlas Research Network, Olivier Lichtarge, Paul Boutros, Benjamin Raphael, Alexander Lazar, Wei Zhang, Michael Wendl, Ramaswamy Govindan, Sanjay Jain, David Wheeler, Shashikant Kulkarni, John Dipersio, Juri Reimand, Funda Meric-Bernstam, Ken Chen, Ilya Shmulevich, Sharon Plon, Feng Chen*, Li Ding*. Pathogenic germline variants in 10,389 adult cancers, Cell 173, Issue 2, pp. 355-370, April 2018.
9. Mingchao Xie#, Charles Lu#, Jiayin Wang#, Michael McLellan, Kimberly Johnson, Michael Wendl, Joshua McMichael, Heather Schmidt, Venkata Yellapantula, Christopher Miller, Bradley Ozenberger, John Welch, Daniel Link, Matthew Walter, Elaine Mardis, John DiPersio, Feng Chen, Richard Wilson, Timothy Ley, Li Ding*. Age-related cancer mutations associated with clonal hematopoietic expansion and malignancies, Nature Medicine 20, Number 12, pp. 1472-1478, December 2014.